对于正在服用PrEP的人来说，PrEP耐药可能会是很多人关心的一个话题。
尽管目前用于PrEP方案可以预防HIV感染，却不能控制已经存在的感染，通常需要加上第3种或换用更强效的方案来抑制HIV复制，使其达到检测不出来的程度。不知道已感染HIV而使用PrEP，药物强度不足可能导致耐药产生。
在使用PrEP时可能产生耐药的一些原因：
①. 已经感染HIV，在未进行HIV诊断，不清楚是否感染情况下就开始PrEP；
②. 服用PrEP药物不规律；
③. 停止PrEP后不久再次高危行为导致感染HIV，此时体内预防性药物仍未代谢完。
2月1日柳叶刀HIV分册在线刊登的文章展示了一项欧洲关于PrEP对耐药影响的研究结果。研究人员对2015年7月至2019年1月期间欧洲一个诊所中所有新诊断HIV阳性病例进行分析。其中939例HIV阳性病例进行了基线耐药检测，这些患者多数是MSM，其中22例患者在发现HIV阳性前一年内用过PrEP，将其与无PrEP史的患者进行比较。
诊断时病毒载量有PrEP史的患者在低于未用过的患者。22例中有4例患者基线耐药检测扩增失败，而917例无PrEP史的患者中只有2%基线耐药检测扩增失败，可能是由于用过PrEP患者的基线病毒载量较低。
22例有PrEP史的患者中有20例开始了抗反转录病毒治疗，开始治疗中位时间是诊断后10天。三个月后， 17例维持治疗，16例的病毒载量低于检测下限。研究病例数较小、为非近期开始PrEP患者，无两组之间患者治疗成功率的比较，无估计HIV感染时间。在直肠组织中达到高浓度药物水平的速度FTC比TDF快得多，所以可以在服用第一剂PrEP药物后，早期只用一种药物进行HIV预防。使用PrEP作为预防HIV措施时，要注意防止耐药的产生。对于既往用过PrEP的HIV感染者，要关注耐药突变的存在。